На территории Дагестана имеются практически все виды поверхностных (море, реки, озёра, водохранилища, болота, ледники) и подземных (пресные, минеральные, термальные, промышленные) вод. В республике выделяется 5 основных бассейновых районов: Кумский, Теречный, Сулакский, Шура-озень-Рубасский (малые реки между Супаком и Самуром, впадающие непосредственно в Каспийское море) и Самурский.
Дагестан имеет самую большую протяжённость береговой линии Каспия в пределах России — около 530 км. Основные морские водно-болотные угодья, поддерживающие сохранение орнитофауны, ихтиофауны и биоразнообразия в целом, приурочены к мелководным заливам, приустьевым участкам крупных рек, а также к побережью и шельфовым зонам островов. Наиболее важными из морских водно-болотных угодий являются Кизлярский залив, о. Тюлений, Аграханский залив, Аграханский полуостров и о. Чечень, Сулакская бухта, устье Самура.
Территория Дагестана, особенно его горной части, покрыта достаточно обширной и разветвлённой гидрографической сетью, общая протяжённость которой оценивается от 18 347 км (Акаев, Гаджиева, 1996) до 24 125 км (Водные ресурсы Дагестана.., 1996). Соответственно, сильно различаются и оценки общего числа рек Дагестана — от 6 255 до 4 320. Основных рек, имеющих длину более 25 км и площадь водосбора более 100 км2, насчитывается около 100 (Акаев, Гаджиева, 1996). Все реки относятся к бассейну Каспийского моря, однако непосредственно в море впадают только 14 из них. В том числе в пределах Дагестана расположены бассейны рек Кумы, Терека, Сулака и Самура, а также нескольких малых рек, впадающих в Каспийское море между Сулаком и Самуром. Помимо постоянных водотоков, гидрографическая сеть Дагестана представлена также временными водотоками (балками и суходолами), наиболее широко распространёнными в низкогорной и, особенно, на равнинной части республики. Хорошо развита сеть искусственных каналов и коллекторов.
В Дагестане имеется примерно 600 водоёмов с площадью зеркала более 3 га, свыше 450 из них расположены на равнине, остальные — в предгорной и горной зонах (Водные ресурсы Дагестана.., 1996). При этом водоёмов площадью более 50 га не более 110. Общая площадь водного зеркала озёр и водохранилищ Дагестана — около 400 км2. Суммарная ёмкость всех водоёмов составляет около 1,8
млрд. м3, из которых 1,3 млрд. м3 (более 70%) приходится на водохранилище Чиркейской ГЭС. Большинство крупных водоёмов расположено в низменной части Дагестана. По своему генезису они имеют лагунно-морское, пойменное и лиманное происхождение. Небольшие естественные равнинные озера могут иметь также суффозионное (образование блюдец и западин путём выщелачивания или выдувания подстилающих пород) и гидротермальное происхождение. В горах распространены ледниково-моренные озера, образовавшиеся в результате деятельности древних и современных ледников, а также запрудные и завальные озёра, возникшие под действием оползневых и обвальных процессов. Отдельно можно выделить озёра-водохранилища искусственного происхождения, предназначенные для оросительных, рыбохозяйственных, промышленных, гидроэнергетических и других целей.
По особенностям распределения, генезиса и характеристики озёр в Дагестане выделяются 6 основных районов : Прикумская равнина, дельта Терека, Присулакская равнина, Приморская низменность, предгорная зона и горная зона. Озёра Горного Дагестана (небольшие по площади) изучены специалистами хуже всего.
Из-за сухости климата верховых и переходных болот в Дагестане практически нет. В низменной части Дагестана значительные площади заболоченных земель возникли в результате разливов рек и каналов в их прирусловых частях. Это так называемые плавневые или пойменные болота низинного типа (южный вариант). Они зарастают жёсткой травянистой надводной растительностью; торф в таких болотах не образуется. В Горном Дагестане очень небольшие площади занимают верховые торфяные болота (сфагновые и осоковые). Они приурочены к высокогорным районам (к субальпийскому и альпийскому поясу) и расположены на абсолютных высотах от 1 700 до 2 500 м. Площадь отдельных заболоченных участков здесь не превышает 200 га, а в основном измеряется несколькими гектарами.
Ледники Дагестана приурочены к самым высоким горным хребтам и сосредоточены в бассейнах Сулака и Самура. Всего в республике описано 126 средних и крупных и 37 малых ледников, общая площадь которых составляет около 48 км2, а объем аккумулируемой в них воды — около 1,3 км3 . Ледники и фирновые поля являются накопителями влаги, которую они отдают, главным образом, в летнее время. Ледники питают 50 малых рек.