Общая протяженность 29 тыс. рек области (не менее 10 км длиной) - свыше 77 тыс. км. Малых рек (длиной до 10 км) насчитывается примерно 56220, и их общая длина составляет 130270 км. Густота речной сети неравномерная: наибольшая - в северных районах (до 0,96 км/км2) и значительно меньшая - в южных (лишь 0,08 км/км2). Крупнейшая река - Амур (1246 км в пределах области); её крупные притоки: Ольдой, Зея, Бурея, Архара. Крупные притоки Зеи: правые - Ток, Брянта, Гилюй, Уркан, левые - Арги, Деп, Селемджа, Томь. На северо-западе текут реки бассейна Лены: Олёкма с притоком Нюкжей, на северо-востоке река Мая бассейна Уды. Питание рек дождевое. Значительны колебания их уровней: зимний очень низкий, весной и летом - половодья, наиболее высокое - летом, когда случаются наводнения. В связи со строительством Зейской ГЭС образовано Зейское водохранилище длиной 225 км, шириной в средней части до 25 км, площадью 2400 км2. Водоснабжение из поверхностных водных объектов осуществляется в основном в крупных городах (Благовещенск, Зея), пос. Талакан. Подземные воды. Широко распространены пресные, минеральные и термальные подземные воды. Пресные подземные воды встречаются повсеместно. В целом по области для целей водоснабжения использование подземных источников составляет 65%, при этом в сельских населенных пунктах водоснабжение базируется исключительно на подземных водах. Разведано 25 месторождений (участков) пресных подземных вод, 13 из них находятся в эксплуатации. Разведанные эксплуатационные запасы подземных вод составляют 551,6 тыс. м3/сут. Известны 42 источника и скважины минеральных вод.