В Красноярском крае водный транспорт является неотъемлемой частью транспортной сети. Протяжённость внутренних водных путей Красноярского края составляет 7 665 км. Главные порты и пристани: Красноярск, Стрелка, Лесосибирск, Туруханск, Игарка, Усть-Порт. По Северному морскому пути до Игарки могут подниматься морские суда, для которых оборудовано 3 морских порта (г. Дудинка, п. Диксон, п. Хатанга).
Соединяя юг и север края, река Енисей является основным способом доставки грузов в летний период в северные территории – Эвенкию и Таймыр, что позволяет обеспечить всем необходимым население и промышленные предприятия.
С мая по сентябрь осуществляется речная навигация по Енисею и Ангаре. Пригодны для судоходства также Подкаменная и Нижняя Тунгусска, Курейка, Турухан. По Енисею караваны судов доводят до реки Большая Хета. По реке Большая Хета может ходить только низкосидящий флот и только одну неделю июня. Для проводки судов через плотину из нижнего бьефа Красноярской ГЭС в верхний и обратно сооружён судоподъёмник.
Основным перевозчиком грузов по водным путям бассейна реки Енисей является ОАО «Енисейское речное пароходство». Магистральным направлением перевозок в регионе являются грузоперевозки на линии Красноярск – Лесосибирск – Дудинка. Предприятие обладает самым мощным в регионе сухогрузным и танкерным флотом.
Основным перевозчиком пассажиров в Красноярском крае является ОАО «ПассажирРечТранс». По данным за 2014 год, за навигацию по Енисею скоростные и водоизмещающе суда, паромные переправы и суда на воздушной подушке перевозят порядка 400 тыс. пассажиров. За последние 30 лет основная часть пассажирского флота выведена из эксплуатации в связи с износом. На количество судов повлияла и неутешительная тенденция к снижению пассажиропотока. Из-за малой востребованности количество пристаней, на которых устанавливались дебаркадеры, также сократилось.