Акватория Санкт-Петербурга допускает круглогодичную навигацию. С конца ноября — начала декабря и до конца марта — начала апреля Невская губа в прибрежных районах покрыта льдом. В этот период движение судов обеспечивается с помощью ледоколов.

Общая протяженность внутренних водных путей Санкт-Петербурга и Ленинградской области достигает 2000 километров.

На территории Санкт-Петербурга находится несколько морских портов. Основным и старейшим из них является порт Санкт-Петербург.

Большой порт Санкт-Петербург включает причалы исторических Морского торгового, Лесного и Рыбного портов, нефтяного терминала, судостроительных, судоремонтных и других заводов, а также причалы Кронштадта, Ломоносова, причалы портового пункта Бронка. На территории Большого Порта работает около 25 стивидорных компаний.

За последние 3 года грузооборот порта показывает небольшой рост и составляет в среднем около 50 млн тонн в год. Основные виды грузов – контейнеры, наливные и генеральные грузы. По итогам 2014 года грузооборот Большого порта Санкт-Петербург составил 61,1 млн тонн, что на 6% выше аналогичного показателя 2013 года. 

Пассажирское морское сообщение осуществляется паромными и круизными судами. В 1982 году для приема и обработки круизных и паромных грузопассажирских судов был открыт причальный комплекс «Морской вокзал». Терминал имеет всю необходимую инфраструктуру: причалы общей длиной 720 м (5  причалов, из них 2 имеют пандус для паромных судов), глубина у причалов до 9 м; место для таможенного и пограничного контроля пассажиров; место для таможенного и пограничного контроля автотехники с накопительными площадками; внутривокзальные помещения для продажи билетов и путевок на суда; гостиница; ресторан; конференц-комплекс.

В 2006 году в ходе реализации проекта «Морской Фасад» было начато строительство нового круизно-паромного комплекса на намывных территориях Васильевского острова. Первое судно прибыло в новый порт в сентябре 2008 года. Комплекс Порта включает семь причалов общей длиной 2171,06 метра для приема океанских лайнеров длиной до 330 метров, три круизных и один специализированный круизно-паромный терминал. С терминала регулярно отправляются круизные суда, а также паромы Princess Maria и SPL Princess Anastasia.

Основная доля перевозок водным транспортом приходится на речные перевозки по Неве, связывающей город с Ладожским озером и являющейся конечным отрезком Волго-Балтийского водного пути. Обычно навигация на Неве открывается в середине апреля и закрывается в октябре — ноябре; в год по реке в среднем проходит около 7 тысяч судов.

Развито малое судоходство по рекам и каналам Петербурга. Водные пути Санкт-Петербурга включают 32 рек и каналов. Многочисленные прогулочные суда обслуживают туристов, предлагая экскурсии по водным артериям города. Мест посадки на прогулочные суда очень много, у каждого причала стоит множество теплоходов, катеров и моторных лодок.

С 2009 года в Санкт-Петербурге функционирует такой вид общегородского транспорта, как маршрутное водное такси (аквабус). Городские маршруты водного транспорта предполагают перевозку пассажиров, т.е. не включают экскурсионное обслуживание.