На территории области имеются большие запасы минеральных вод, принадлежащих к водоносным комплексам одного из крупнейших в мире Западно-Сибирского артезианского бассейна. Обнаружены термальные воды (от +43°) с содержанием брома (до 120 мг/л), йода (до 30 мг/л), кремниевой кислоты (22-50 мг/л) и минерализацией до 50-80 г/л. Йодо-бромные воды распространены в Колпашевском, Парабельском, Александровском, Тегульдетском, Верхнекетском районах. Широко распространены минеральные воды гидрокарбонатного класса со средней минерализацией. Большой известностью пользуются минеральные источники в селе Заварзино, относящиеся к маломинерализованным щелочноземельным водам. Основным лечебным фактором является растворенный в воде радон и многие другие элементы, дающие положительный терапевтический эффект при многих заболеваниях. Богатейшие источники азотно-метановой хлоридно-натриевой слабосульфидной термальной минеральной воды имеются в Колпашевском районе и в г. Колпашево, источники хлоридно-натриевой йодо-бромной термальной воды в Александровском районе, хлоридно-гидрокарбонатно-натриевой бромной воды в г. Стрежевое. Богатейшие запасы торфяных лечебных грязей в Томском районе и сапропелевые лечебные грязи озер Карасево, озера Кирек и озеро Светлое (г. Колпашево).