На территории Томской области насчитывается 131023 водных объекта, в том числе:
-18100 рек общей протяженностью 95 тыс. км;
-12900 озер суммарной площадью 4451 км кв ;
-6 водохранилищ суммарным объемом 21,198 млн. м куб ;
-23 водохранилища и пруды, поднадзорные Главному управлению природных ресурсов и охраны окружающей среды МПР России по Томской области, суммарным объемом 7,6 млн. м куб ;
-водно-болотные угодья площадь более 80 тыс. км кв.
Главная река - Обь, пересекает область по диагонали с юго-востока на северо-запад, деля область на две почти равные части. Протяжённость Оби в пределах области составляет 1065 км. Основные притоки Оби, впадающие в неё на территории Томской области: Томь, Чулым, Чая, Кеть, Парабель, Васюган, Тым. Крупнейшее озеро - Мирное (Парабельский район), площадь зеркала 18,3 кв. км.
На территории Томской области располагается самое большое болото в мире – Васюганское, которое является природным феноменом, не имеющим аналогов в мире. Площадь составляет около 53 тыс. км2 (для сравнения площадь Швейцарии 41 тыс. км2), ежегодно увеличиваясь на 800 га.
Из 29 разведанных месторождений пресных подземных вод эксплуатируются только 15. Наибольшее число разведанных месторождений (19) приходится на палеогеновый водоносный комплекс, широко используемый для водоснабжения в Томской области. На юге области основным источником водоснабжения являются воды зоны трещиноватости палеозойских образований. Воды неоген-четвертичных отложений используются редко и преимущественно для водоснабжения в сельской местности.