Якутия расположена в северо-восточной части Сибири. Граничит на востоке с Чукотским автономным округом, Магаданской областью, на юго-востоке — с Хабаровским краем, на юге — с Амурской областью и Забайкальским краем, на юго-западе — с Иркутской областью, на западе — с Красноярским краем, на севере её естественные рубежи образуют моря Лаптевых и Восточно-Сибирское. Общая протяжённость морской береговой линии превышает 4,5 тыс. км.
Более 40% территории Якутии находится за Северным полярным кругом. Протяжённость республики с севера на юг — 2500 км, с запада на восток — 2000 км. Самая западная точка — на границе с Красноярским краем (105° в. д.), восточная — на границе с Чукотским автономным округом (165° в. д.), южная — на Становом хребте, на границе с Амурской областью (55°30' с. ш.), северная материковая — на мысе Нордвик (74° с. ш.) и северная островная — на острове Генриетты (77° с. ш.).
Якутия характеризуется многообразием природных условий и ресурсов, что обусловлено физико-географическим положением её территории. Большую часть занимают горы и плоскогорья, на долю которых приходится более ⅔ её поверхности, и лишь ⅓ расположена на низменности. Самая высокая точка — гора Победа (3147 м, по другим данным 3003 м, находится на хребте Черского) или Мус-Хая (2959 м, по другим данным 3011 м, находится на хребте Сунтар-Хаята). В Якутии также расположен Верхоянский хребет.
Западную часть Якутии занимает одно из крупнейших плоскогорий — Среднесибирское.
Крупнейшие низменности: Центральноякутская, Колымская, восточная часть Северо-Сибирской низменности.
Входит в состав Дальневосточного ФО