Климат в Карачаево-Черкесской республике умеренно тёплый. Для климата показательна большая продолжительность солнечного сияния. Вегетационный период 140-150 дней (на равнине). В среднегорье годовые температуры колеблются от 1°С до 6°С, средние температуры января -4°С -6°С; зимы умеренные, снежные. Снежный покров держится 5 и более месяцев. Лето умеренно теплое (средние температуры июля 16-22°), годовая сумма осадков 700-1200 мм, максимум выпадает ранним летом.
Большая часть (около 80 %) Карачаево-Черкесской Республики расположена в горной местности. В пределах республики выделяются 3 зоны: предгорная равнина, предгорья и горы Кавказа. На севере тянутся передовые хребты Большого Кавказа, на юге – Водораздельный и Боковой, их высота достигает 4000 м.
С высоты около 2000 м ведущая роль принадлежит западному переносу воздуха, поэтому климат высокогорья более влажный и некоторыми особенностями своего режима напоминает морской. Однако зима здесь отличается устойчивыми морозами. Так, на уровне около 2000 м средняя температура января колеблется от -6°С до -8°С, около 3000 м достигает -10°С.
Черное море оказывает на климат в целом очень существенное влияние. Над республикой проходят по преимуществу циклоны средиземноморского фронта, определяющие режим и количество осадков. Наибольшая их сумма наблюдается на наветренных юго-западных склонах. Снеговая линия в связи со значительной влажностью климата в западном районе ниже, чем в восточном, на 200-500 м. На северном склоне она проходит на уровне 2750-3200 м, на южном - на 2730-3000 м.
Высота снежного покрова в горах крайне неравномерна: ветры переносят огромные массы снега (метелевый перенос), занося понижения рельефа, обнажая наветренные склоны и наметая на подветренных мощные снежные карнизы. По весне их подтаявшие пласты срываются вниз. Характерной особенностью зим являются оттепели в период повышения температуры воздуха в связи с местными теплыми ветрами - фенами. В это время абсолютный максимум температуры в январе может составлять 16-22°С на высотах до 1500 м и 10-15°С - на 1500-2000 м. В то же время летом нередки похолодания со снегопадами. Бывают ливни с градом, часты грозы.