Реки края принадлежат бассейну Северного Ледовитого океана. Главная река – Енисей, одна из величайших рек России и мира, природная граница между Западной и Восточной Сибирью. Длина водного пути – 5550 км, ширина русла в дельте – 50 км. По площади бассейна Енисей занимает 2-е место среди рек России и 7-е место среди рек мира. Енисей – самая многоводная река страны, которая ежегодно сбрасывает в Карское море почти 623 куб. км воды, что составляет более 13% стока всех рек страны. В границах Красноярска Енисей имеет ширину 696 – 810 м, глубину 3,8 – 6,0 м, скорость течения
1,2 – 1,4 м/с. После постройки плотины Красноярской ГЭС Енисей на протяжении более 100 км не замерзает. Толщина ледяного покрова достигает 1,5 м. Вскрывается река в апреле (водохранилище – в мае), ледоход продолжается 4 – 8 дней. Половодье длится до конца июня, максимальный подъём уровня воды 2 – 4 м. В летнее время бывает
2 – 5 дождевых паводка.
В Енисей впадает около 500 рек, общая длина которых более 300 тысяч километров. Привлекательность притоков Енисея в том, что в их современном облике отражена история формирования рельефа. Истоки их лежат на древней поверхности выравнивания (пенеплене). Здесь из таёжных ключей и родников образуется едва заметный поток, который, собрав множество других источников, глубоко врезывается в склоны гор и хребтов.
Ежегодно реки края вливают в северные моря около 20% общего стока рек России. Речная сеть Красноярского края насчитывает более 150 тысяч рек и речек. Енисей со своими многочисленными притоками, а также реки Пясина, Таймыра, Хатанга, впадающие в Карское море и море Лаптевых, образуют естественную транспортную систему. По территории региона протекают Мана, Туба, Казыр и Кизир, Амыл, Кан, Бирюса, Подкаменная Тунгуска, Нижняя Тунгуска, Ангара, Чулым, Кеть, Кемь и др. Реки обладают огромными запасами гидроэнергии – в крае работают ГЭС: Красноярская, Богучанская, Усть-Хантайская, Курейская, Енашиминская.
В крае много озёр – их насчитывается более трёхсот тысяч. Крупнейшее на севере – озеро Таймыр. Большинство озер расположены на юго-западе края – в Шарыповском районе, а также на юге – в Минусинской котловине. У туристов летом пользуются популярностью озера Тагарское, Учум, Большое, Круглое, Плахино, Инголь и др.
Плотиной Красноярской ГЭС образовано Красноярское водохранилище. Его площадь 2000 кв. км, объём 7 куб. км, длина 388 км, наибольшая ширина 15 км, средняя глубина 36,6 м, наибольшая – 105 м (у плотины). На нижнем, приплотинном участке Красноярское водохранилище имеет вид широкой реки, средняя часть более широкая.
По водохранилищу возможно судоходство для судов с большой осадкой.