Регулярное судоходство осуществляется по рекам Волге, Оке и Москве, а также по каналу имени Москвы. Протяженность внутренних водных путей в пределах границ Московской области составляет 482 км. Средняя продолжительность навигации составляет 210 суток.
На территории Московской области расположено два речных порта: ОАО «Порт Коломна» и ООО «Порт Серпухов».
Наибольшее развитие водный транспорт области получил с вводом в эксплуатацию (1937 год) канала имени Москвы. В 1990-е–2000-е годы протяжённость водных путей сократилась. Вследствие длительной эксплуатации многие гидротехнические сооружения сильно изношены. Основным грузовым перевозчиком на территории области является ОАО «Московское речное пароходство». В структуре грузовых перевозок основное место занимают навалочные строительные материалы (песок, щебень, камень и др.).
Водными прогулками в Москве и Московской области занимаются судоходные компании «Речфлот», «ВодоходЪ», «Argo Travel», «Мегафлот» и «Столичная судоходная компания». Прогулочная навигация длится в среднем около полугода: с середины апреля до середины октября, то есть в период наиболее комфортной погоды. Таким образом, она заканчивается примерно на месяц раньше общей навигации. Однако это касается только регулярных маршрутов; заказные теплоходы курсируют вплоть до первых морозов. С 2009 г. круглогодичный круговой маршрут по Москве-реке выполняют ледокольные суда компании «Рэдиссон-круиз», отправляющиеся от причала у гостиницы «Украина» в Москве. С учётом имеющегося опыта (Hovertravel, Логопром) интересным применением Московских водных путей может оказаться круглогодичное использование судов на воздушной подушке, возможно сообщение и с аэропортом Шереметьево.
Московская область является транзитным регионом для речных круизов по Москва-реке, Каналу имени Москвы, Оке и Волге. Так, например, круизная компания «Мегафлот» осуществляет речные круизы из Москвы в направлении таких городов (в т.ч. транзитом), как Тверь, Углич, Мышкин, Кострома, Ярославль, Калязин, Дубна, Плёс, Нижний Новгород, Казань, Самара, Ульяновск, Чебоксары, Городец, Кижи, Санкт-Петербург, Вологда и др. Москва получила прозвище «Порта пяти морей» вследствие того, что в 1936 г. был открыт Канал им. Москвы, который подключил столицу к единой воднотранспортной сети европейской части страны, и по которому можно выйти в любое из пяти морей – Каспийское, Черное, Азовское, Балтийское и Белое. Московская область таким образом получила важное транзитное значение для судоходства.
Количество перевезенных пассажиров на регулярных маршрутах внутреннего водного транспорта Московской области составляет 31617 тыс. чел.