Экосистемное разнообразие, т.е. разнообразие природных сообществ, на территории Москвы следует признать достаточно высоким. Здесь на площади свыше 20 тыс. га, которые занимают леса, луга и бывшие пашни, речные долины, болота, водоемы, представлены самые разнообразные лесные, луговые, болотные и околоводные сообщества, водные экосистемы.

Древесно-кустарниковые насаждения, в соответствии с местоположением Москвы в лесной природной зоне, преобладают в составе ее природных территорий. В силу природных и исторических особенностей территории, которую занимает современная Москва, ее зеленые насаждения характеризуются весьма высоким разнообразием образующих их сообществ, отличающихся по породному составу, возрасту, структуре древостоев и подлесочного яруса, видовому составу трав, мхов и лишайников, составу животного населения.

Хвойные насаждения - сосняки, ельники и лиственничники - занимают немногим более 20% площади Москвы, занятой древесно-кустарниковой растительностью; насаждения лиственных пород - дубняки, липняки, кленарники и др. - около 40%; мелколиственные - березняки, осинники, черноольшаники, сероольшаники, ивняки - около 40%.

Древостой с преобладанием дуба занимают на территории Москвы около 10% площади, занятой насаждениями, под осинниками находится около 4%, лиственничниками - 2,5%, ельниками -1,9% (ель плохо выносит условия города), липняками - 18% (преобладают в Фили-Кунцевском лесопарке, Измайловском и Битцевском лесных массивах, в национальном парке «Лосиный Остров»), под березняками - около 39%.

В зависимости от геоморфологических характеристик территории города в его пределах для насаждений сложились различные условия произрастания: для восточной части города (Мещерская низменность) с легкими песчаными почвами изначально типичными были преимущественно сосновые насаждения, для южной (Теплостанская останцовая возвышенность) - дубравы, для северо-западной и северной (Смоленско-Московская моренная возвышенность) - ельники.

В результате естественных процессов развития насаждений и негативного воздействия городской среды в насаждениях Москвы происходит постепенная смена их состава на наиболее устойчивые к техногенным и рекреационным факторам породы: сосняки и ельники уступают место липнякам и иногда березнякам, а последние при достижении предельного возраста замещаются липняками и кленарниками.

Значительно типологическое разнообразие московских насаждений: в них на разных площадях и в разном сочетании представлены самые разные типы условий местопроизрастания - брусничники, черничники, кисличники, ландышевые, волосистоосоковые, зеленчуковые, снытевые, пролесниковые, широкотравные, разнотравные, крапивные, таволговые, травяно-болотные, осоковые и др. Наибольшую ценность для сохранения в Москве разнообразия насаждений и биоразнообразия в целом имеют Лосиный остров, Битцевский и Измайловский лесопарки, Серебряноборское лесничество, Кузьминский и Фили-Кунцевский лесопарки, в которых на значительной площади сохранились зональные типы условий местопроизростания со свойственной им флорой и фауной, редкими для города лесными видами растений и животных.

Луговые сообщества. Луга - суходольные и сырые - на территории Москвы к настоящему времени уцелели на ограниченных площадях и в основным приурочены к речным долинам и междуречьям. Большая часть суходольных лугов сформировалась на месте бывших пашен и находится на разных стадиях естественного восстановления луговой растительности - от бурьянистого высокотравья до злаково-разнотравных лугов. Представлены в Москве и участки остепненных лугов со специфическими, редкими в городе ксерофильными видами трав (Крылатские холмы, Коломенское, Тушинская чаша и некоторые другие территории). Сырые луга представлены на незначительных по площади участках, фрагментарны и часто соседствуют с низинными болотами.

Болотные сообщества. Болота в Москве сохранились на еще меньшей площади, чем луга, поскольку в свое время воспринимались как объекты, подлежащие полному уничтожению в городских условиях. Болота резко увеличивают видовое разнообразие городской флоры, дают прибежище большому числу животных. Болота в своем составе имеют преимущественно местную флору. Заносные и культурные растения для этих сообществ менее характерны, чем для древесно-кустарниковой растительности и лугов.

Водные объекты - реки и водоемы в естественных берегах, сохраняющие свои экосистемные характеристики и природные качества - обеспечивают сохранение в Москве различных водных и околоводных экосистем и, соответственно, поддерживают достаточно высокое биоразнообразие в черте города. Такими водными объектами в основном являются р.Москва на участках с естественными берегами, реки Клязьма, Сходня, Косинские Черное, Белое и Святое озера, озера на южной окраине Кузьминского лесопарка, старичные водоемы разных размеров, сохранившиеся в поймах рек Москвы, Сходни, Химки, Яузы, Чермянки, Сетуни и Раменки.

В Братеевской пойме, а также на водоразделе рек Мерянка и Коровий Брод (район Северный) сформировались крупнейшие в Москве водно-болотные комплексы, имеющие исключительное значение для сохранения биоразнообразия Москвы. Они, как и другие особо ценные природные комплексы, находятся на территориях, признанных ключевыми для сохранения биоразнообразия в Москве.