Водные ресурсы включают около 350 рек и 3000 озер.

Основные реки области – Обь и Омь.

Север и северо-запад области занимают Васюганские болота.

Плотиной Новосибирской ГЭС образовано Новосибирское водохранилище – искусственное море протяженностью более 185 км. (максимальная глубина – 25 м.), на берегах которого расположено множество баз отдыха, пансионатов, детских лагерей отдыха. Жители Новосибирской области называют его Обским морем, Сибирской ривьерой. Это излюбленное место отдыха новосибирцев. 

Через Новосибирскую область протекает одна из крупнейших рек страны – Обь, по которой осуществляются экономические связи районов Крайнего Севера, северных районов Томской и Тюменской областей с южными районами Западной Сибири.

Характерным элементом ландшафта области являются озера, которых насчитывается до 3000, они занимают 3,5% территории области. Самые крупные озера находятся в центральной и юго-западной части области – Чаны (2600 кв.км), Сартлан (238 кв.км), Убинское (440 кв.км), Горькое и другие. Озера, в основном, пресные и только немногие (менее 10%) солоноватые и соленые.

Грязи и рапа соленых озер, подземные воды, включая радоновые, имеют лечебное значение, широко используются в санаториях области.