Территория Республики Башкортостан расположена в пределах бассейнов рек Волги, Урала и Оби. Водные ресурсы республики складываются из количества воды, поступающей из сопредельных территорий (Челябинской, Пермской, Свердловской, Оренбургской областей и Республики Татарстан), а также ресурсов, формирующихся в пределах самой республики.

Объем средних ежегодно возобновляемых суммарных запасов поверхностных вод, формирующихся на территории Республики Башкортостан, составляет 25,5 куб. км; с учетом вод, поступающих из соседних областей и Республики Татарстан, ресурсы возрастают до 35,0 куб. км. В целом республика менее обеспечена водными ресурсами, чем Российская Федерация: на 1 человека в Башкортостане приходится 8750 куб. м воды в год, или 24 куб. м/сутки против 29380 куб. м/год, или 80 куб. м/сутки по России.

Водные ресурсы республики отличаются неравномерностью распределения во времени (большая внутригодовая и многолетняя изменчивость) и по территории. Основная часть годового стока – до 70% –   приходится на весеннее половодье.

В Башкортостане насчитывается около 13 тыс. рек общей протяженностью свыше 57 тыс. км. Основную часть из них (99,9 % по количеству и 87 % по протяженности) составляют реки длиной менее 10 км.

    Неравномерность распределения речного стока по территории Башкортостана, его большая внутригодовая и многолетняя изменчивость затрудняют удовлетворение потребностей населения и экономики в необходимом количестве воды. Особенно остро это проявляется в маловодные годы.

Решение проблемы обеспеченности республики водными ресурсами осуществляется за счет регулирования стока рек водохранилищами и прудами, его пространственно-временного перераспределения.

В настоящее время на территории Республики Башкортостан эксплуатируется 443 водохранилища и пруда, из них 119 водохранилищ имеют объем более 1,0 млн. куб. м. Высокая степень зарегулированности речного стока отмечается в Предуралье (р. Ашкадар, Уршак, Дема, Чермасан, База, Сюнь, Усень).

В Башкирском Зауралье, где протекают притоки реки Урал, отмечается самая низкая увлажненность, самое малое количество осадков в теплое время года и в целом за год. За последние годы построены следующие водохранилища: Акъярское на реке Ташла объемом 49,4 млн. куб. м в Хайбуллинском районе, Сакмарское на реке Сакмара объемом 26,1 млн. куб. м, Таналыкское (Хворостянское) на реке Таналык объемом 14,2 млн. куб. м, Маканское на реке Макан объемом 9,3 млн. куб. м, Матраевское на реке Бузавлык объемом 2,1 млн. куб. м.

Крупные водохранилища, как правило, имеют комплексное многоцелевое назначение и осуществляют многолетнее регулирование стока. Малые водохранилища и пруды используются для сезонного регулирования, а также для водообеспечения населения и отдельных отраслей экономики.

В республике насчитывается около 2 тыс. озер, из них 75% расположены в западных равнинных районах, остальные, главным образом, в Башкирском Зауралье.

Поверхностные водные объекты республики являются основными источниками водоснабжения всех отраслей экономики и населения. Развитие водоемких отраслей промышленности обусловливает высокую степень использования поверхностных водных объектов, как для забора воды, так и для сброса сточных вод. Следствием этого является высокая антропогенная нагрузка на поверхностные водные объекты и существенное изменение их природного качества. 

Распределение подземных вод в пределах Республики Башкортостан по площади и по разрезу является неравномерным и очень сложным. Это обусловлено разнообразием литологического состава и водно-физических свойств горных пород, условий их залегания, историей геологического развития территории и особенностями современных физико-географических условий в различных частях республики.

В пределах наиболее высоких хребтов отдельных гор формируются ультрапресные подземные воды с содержанием солей менее 0,1 г/л, на юго-востоке республики в условиях степей при малом количестве атмосферных осадков на отдельных участках распространены солоноватые (до 10 г/л) грунтовые воды. На площади распространения гипсов и загипсованных пород независимо от физико-географических условий формируются сульфатные, кальциевые воды с минерализацией до 2-3 г/л, а по мере увеличения глубины залегания осадочных водопроницаемых пород в них содержатся разнообразные по минерализации и химическому составу воды, в которых присутствуют сероводород и другие микрокомпоненты, определяющие возможность использования их в лечебных целях или для извлечения из них микрокомпонентов в промышленных целях, т.е. воды относятся к минеральным и промышленным.

Из 21 города республики в 19 на питьевые цели в той или иной мере используются подземные воды с утвержденными запасами. Для сельских районных центров запасы утверждены по северо-восточной и юго-западной частям республики. По ряду населенных пунктов на юго-востоке республики утверждены запасы под водозаборы для групповых водопроводов к сельским населенным пунктам.

Месторождения питьевых подземных вод на территории республики распределены неравномерно. На отдельных участках они полностью отсутствуют. Невысокая водообильность пород и не всегда приемлемое для питьевых целей качество подземных вод наиболее характерны для юго-восточной части республики и в ряде случаев для центральных и северных районов. Основную часть запасов составляют месторождения в речных долинах р.р. Белой и Уфы.

Прогнозные эксплуатационные ресурсы минеральных питьевых и лечебных вод превышают 2,0 млн. куб. м/сут. В пределах Русской платформы и Предуральского краевого прогиба широко распространены сероводородные лечебные воды.

Две самые крупные реки республики – Белая и Уфа (башкирские названия – Агидель и Караидель), при слиянии которых на обрывистом берегу расположена Уфа, являются судоходными. По этим рекам республика имеет транспортную связь с основными реками европейской части России и морями, ее омывающими.

Особо живописны горные реки Южного Урала, которые протекают по горным изумрудным долинам в царстве лесов и цвету- щего разнотравья. Местами долины горных рек становятся скалистыми каньонами. По многим рекам проходят популярные туристические маршруты.

Озера разнообразны по своему происхождению и размерам. Крупнейшие из них – Асылыкуль и Кандрыкуль, а также Ургун, Большие Учалы, Яктыкуль (Банное), Узун- куль, Карабалыкты, Суртанды, Мулдаккуль, Чебаркуль, Атавды. Многие озера стали туристическими центрами.