Реки. По территории края проходит мировой водораздел между бассейнами Северного Ледовитого и Тихого океанов, а также бессточной Центрально-Азиатской области.

 Здесь находятся верховые истоки главнейших водных артерий Сибири, Дальнего Востока и Центральной Азии. Это истоки Амура, Лены, Енисея. Важнейшая особенность западной части края - принадлежность ее к бассейну оз. Байкал, объявленного Участком Мирового Наследия.  Около 55% территории Забайкальского края относится к Амурскому, 30,4% Ленскому и 13,3% Енисейскому бассейнам. На территорию Забайкальского края приходится формирование около 7% стока и около 5% площади бассейна р. Лены, соответственно более 7% и около 13% - Амура, и 27% и 13% - Селенги. Речная сеть представлена более чем 40000 водотоков, около 98% которых имеют длину менее 25 км. Полностью или частично по территории Забайкальского края протекают 54 реки протяженностью от 100 до 500 км. В ее пределах насчитывается 14 рек, относящихся к самым крупным водотокам России, длина которых более 500 км. Из них только пять рек полностью находятся на территории края: Газимур,  Ингода,  Калар,  Нерча и Шилка. Кроме названных, самыми крупными реками региона являются Витим, Олёкма, Аргунь, Онон, Хилок, Чикой. На востоке края берёт начало самая большая река Дальнего Востока Амур, образованный слиянием Шилки и Аргуни.   

Крупнейшие реки Забайкальского края

 

Название

реки

Длина

(км)

Площадь бассейна

(км²)

Общая длина

(км)

Амур

46

1855000

2824

Шилка

560

206000

1592

Аргунь

951

164000

1620

Витим

225000

1837

Онон

543

96200

1032

Олёкма

637

210000

1436

Чара

395

87600

851

Ингода

37200

708

Газимур

12100

592

Хилок

625

38500

840

 В Забайкальском крае, в 35 километрах на северо-запад от Читы, на Яблоновом хребте находится уникальное в мире место — гора Палласа, со склонов которой начинается сток сразу в три великие реки Азии: Енисей (через Селенгу и Байкал), Лену и Амур.

Обилие горных и равнинных рек представляет собой огромный ресурс для всевозможных водных путешествий и спортивных мероприятий: от экстремального рафтинга до неторопливого сплава, а также круглогодичной рыбалки.

В Восточном Забайкалье сформировался крупнейший гидрографический узел из системы верхних притоков и озер, питающих пресной водой водные артерии Сибири, Дальнего Востока и Центральной Азии.  Отсюда путешественник на байдарках и плотах может достичь и «колодца планеты» озера Байкал, и пройти путями первых русских землепроходцев по Амуру и Лене. 

Основную опасность на реках представляют: многочисленные протоки, часто перегороженные и заваленные сухостоем; паромные переправы; резкие подъемы уровня воды вследствие кратковременных и обильных    дождей; многочисленные мели и перекаты. Для сплава рекомендуется использовать: надувные резиновые лодки, катамараны, каяки, разборные байдарки.

Озёра. Озёрность региона в целом невысока. На территории Забайкальского края насчитывается около 15000 озёр с общей площадью 231 тыс. га, что составляет около 0,48% территории края. Подавляющее большинство озёр (> 99%) имеют площадь менее 1 км2. Площадь поверхности от 1 до 10 км2 имеют 62 озера, свыше 10 км2 ˗ 13 озёр. Некоторые водоёмы соединяются между собой протоками, образуя озёрные системы. К наиболее крупным озёрным системам края относятся озёра Торейские (представляющие собой два соединенных протокой водоема Барун- и Зун-Торей на юге края) , Ивано-Арахлейские (центральная часть)  и  Куандо-Чарские (север региона).                                                                                                                                               

На территории Ивано-Арахлейских озёр, расположенных в центральном Забайкалье,  в 2014 году создан  природный парк «Ивано-Арахлейский», который традиционно является самой популярной рекреационной зоной в Забайкальском крае  - более 500 тыс. посещений в год.  Наиболее крупные водоемы этой озёрной системы озёра Арахлей, Шакшинское, Иргень, Большой Ундугун, Иван, Тасей.  Ещё одним любимым местом отдыха забайкальцев и гостей края является природный парк «Арей», в границы которого включено озеро Арей с водоохраной зоной и прилегающими территориями.

Подземные воды. Для водоснабжения городов, районных центров, крупных промышленных объектов в крае разведано 71 месторождение подземных вод, эксплуатационные запасы которых утверждены.

Минеральные воды

На территории Забайкальского края встречаются почти все основные типы минеральных холодных углекислых и термальных азотных вод России и насчитывается около 300 источников. Для 15 месторождений утверждены эксплуатационные запасы минеральных вод в количестве 2591 м3/сут. 
Открытые в прошлые века и до сих пор сохранившие свои редкие целебные качества воды Дарасунского, Кукинского, Шмаковского, Ямаровского и других минеральных источников известны далеко за пределами региона. За последние десятилетия на территории края разведано более 50 месторождений подземных вод.