Флору высших растений области представляют 1585 видов, относящихся к 506 родам и 125 семействам. Наибольшую площадь занимают леса, которые относятся к трем формациям: светлохвойные (лиственничные и сосновые), темнохвойные (кедровые, черневая тайга, прирусловые ельники), лиственные леса (березовые, березово-осиновые, прирусловые). Кедровые леса произрастают от 400 м над уровнем моря до верхнего предела распространения лесной растительности (1800 м над уровнем моря) и представлены большим количеством типов леса. Флористическое разнообразие этих лесов невелико. Для этих лесов характерно присутствие черники, брусники, обильно встречается лук-черемша. Уникальными для области являются кедрово-пихтовые, высокотравно-широкотравные леса Горной Шории и на западном макросклоне хребта Кузнецкий Алатау. Особенностью этих лесов является то, что в зимнее время под мощным снеговым покровом не происходит промерзания почв, а большое количество осадков способствует быстрому круговороту веществ в почве. В сложении насаждений, кроме кедра, участвуют ель, пихта, береза, осина.
В подлеске обильно встречаются черемуха, рябина, калина, малина, красная смородина. Верхний ярус травянистых растений образуют аконит северный, кочедыжник женский, вейник притупленный, папоротник-орляк. Здесь обитает большое количество реликтовых растений: коротконожка лесная, осока лесная, копытень европейский и другие. Отсутствие промерзания почв обусловливает развитие весенней эфемероидной флоры, которая является украшением черневой тайги. Еще не стаял снег, как расцветают кандык, хохлатки, ветреницы, проективное покрытие раннецветущих растений может достигать 70–80 %. Особое место в черневых лесах имеют естественные насаждения липы сибирской, которая является эндемиком и реликтом. Самый обширный участок липняков (около 11 тыс. га) находится в водоразделе рек Большой Теш, Тамала и Кундель. Здесь отмечены 23 вида третичных неморальных реликтов. В Кемеровской области широко распространены березовые леса. Их основу составляют береза пониклая и береза белая, а так же осина. Очень редко в состав первого яруса входит сосна и лиственница. Кустарниковый ярус березняков составляют ивы, рябина, карагана кустарниковая, шиповники и многие другие виды.
Пойменные леса представлены ивовыми зарослями и лесами из тополя лавролистного, в некоторых случаях тополя черного. Чрезвычайно разнообразны и богаты луга Кемеровской области. Наиболее типичными являются злаково-разнотравные мезофильные остепненные луга. Они сложены высокорослыми злаками (ежа сборная, вейник наземный), бобовыми растениями (клевер луговой, чина луговая, горошек однопарный) и большим количеством разнотравья (василек шероховатый, ястребинка зонтичная, тысячелистник азиатский) и др. Уникальными для Южной Сибири являются высокотравные субальпийские луга. Высота некоторых растений, таких как борщевик рассеченный, аконит северный, бодяк разнолистный и некоторые другие виды, может достигать до 2,5−3,0 м высоты. Альпийские луга Кузнецкого Алатау поражают великолепием цветущих растений, среди которых аквилегия железистая, фиалка алтайская, дороникум алтайский.
Болота наиболее широко распространены к востоку от озер Большой и Малый Берчикуль. Разнообразие болот можно объединить в три группы: торфяные сфагновые, тростниковые и осоковые болота. На торфяных болотах встречаются заросли клюквы, княженики, росянки. Степи не характерны для области и являются редким интразональным явлением на каменистых обнажениях, щебнистых и песчаных склонах во многих районах. На большей территории степного ядра Кузнецкой котловины степи полностью разрушены в результате как распашки земель, так и добычи угля. Тем не менее, на сохранившихся степных участках встречаются типичные степные растения, внесенные в Красную книгу Кемеровской области: копеечник Турчанинова, флокс сибирский, адонис опушенный и некоторые другие. Многие виды, представленные в степных сообществах, выпадают из состава флоры после антропогенного вмешательства, т.к. они не являются достаточно толерантными к антропогенной нагрузке и не способны осваивать другие типы местообитаний.